Кратер Нгоронгоро считается относительно молодым в Африке. Диаметр вулкана в поперечнике достигает до 22 км, общая площадь составляет 265 кв. км. Долина образовалась около 2,5 миллионов лет назад, после самого большого извержения огромного вулкана и обрушения его верхушки. Дальнейшая вулканическая активность в виде слабых извержений способствовала возникновению на дне кратера горных пиков, которые можно увидеть и по сей день. Сегодня кальдера Нгоронгоро окаймлена крутой, но частично разрушенной естественной природной стеной, ее края находятся на высоте 2286 м над уровнем моря, а дно – на 610 м ниже морского уровня.
Территория кратера частично занята щелочным озером, – излюбленным местом обитания фламинго. Озеро окружают прекрасные пастбища для антилоп, зебр и других травоядных животных. Природа уникальна собственной средой обитания для многих видов животных, которые не имеют возможности выбраться за пределы кальдеры. Там они рождаются, живут, размножаются и умирают. По оценкам ученых, в кратере их обитает порядка 30 тысяч. Здесь можно увидеть крупных антилоп конгони и топи, львов, слонов, гиен, страусов, павианов, буйволов, леопардов и бегемотов. На территории кратера обитает около 17 особей белых и чёрных носорогов, занесенных в Красную Книгу. Необычайно разнообразен и растительный мир заповедника. Здесь встречаются леса, болота, озера, реки, бескрайние степи и саванны.
Кратер Нгоронгоро и прилегающая к нему область в 1954 году были выделены из состава национального парка Серенгети, а в 1959 году превращены в заповедник с целью, сохранить уникальную экосистему, включающую и ущелье Олдувай. В 1978 году заповедник был объявлен мировым природным наследием.
Одной из важнейших функций заповедника Нгоронгоро является защита интересов и сохранение традиционного образа жизни древнего коренного племени масаи, которое по-прежнему пасет здесь стада крупного рогатого скота, овец и коз. Археологическая история заповедника связана с ущельем Олдувай, в котором доктор Луис Лики обнаружил останки зиджантропа – древнейшего ископаемого примата. Здесь также были найдены и другие известные реликты, включая доисторических слонов, гигантских рогатых баранов и гигантских страусов.